Warszawski Program Edukacji Kulturalnej finansowany jest ze środków Miasta Stołecznego Warszawy. System finansowania edukacji kulturalnej w Biurze Kultury przewiduje coroczne konkursy oraz małe granty dla organizacji pozarządowych, Fundusz Animacji Kultury i Projekty Partnerskie – wsparcie dla dzielnicowych domów kultury i bibliotek oraz realizacja projektów z lokalnymi szkołami.
Od roku 2015 to również konkursy dla wyższych uczelni oraz instytucji państwowych. Miasto Warszawa finansuje także stypendia artystyczne. Ponadto, z powyższych środków finansowana jest Warszawska Nagroda Edukacji Kulturalnej oraz wspierane są istniejące już programy. Biuro Edukacji finansuje działania w zakresie edukacji kulturalnej, podejmowane przez placówki oświatowe i organizacje pozarządowe. Jednymi z najważniejszych są konkursy dla organizacji pozarządowych oraz Warszawskie Inicjatywy Edukacyjne.
Biuro wspiera szczególnie programy międzyszkolne, zgodnie z aktualnymi potrzebami szkół, przedszkoli i placówek oświatowych i program Warszawska Aktywna Młodzież - działania grup nieformalnych w formie regrantingu. Biuro Projektów i Polityki Społecznej wspiera programy dla seniorów w ramach konkursów dla organizacji pozarządowych. Finansowanie inicjatyw z zakresu edukacji kulturalnej odbywa się także na poziomie dzielnic: własne konkursy grantowe edukacji kulturalnej mają dzielnice Wawer i Wesoła.
Warszawski Program Edukacji Kulturalnej posiada system finansowania Laboratorium Edukacji Kulturalnej - w ramach działalności Warszawskiego Centrum Innowacji Edukacyjno-Społecznych i Szkoleń oraz Stołecznego Centrum Edukacji Kulturalnej dla środowiska szkół i placówek edukacyjnych, w ramach finansowania przez Biuro Kultury - dla dzielnicowych domów kultury. W ramach Modułu Otwartego, m.in. seminaria, szkolenia i wizyty studyjne dla całego środowiska. Wiele projektów edukacji Kulturalnej realizowanych jest w ramach Inicjatywy Lokalnej – systemu prowadzonego przez Centrum Komunikacji Społecznej. Badania dotyczące działania grup nieformalnych edukacji kulturalnej realizowane i finansowane są przez Biuro Marketingu.